Polizeipräsidium Alexanderplatz

Cohn wird während eines Vortrags in einer Köpenicker Synagoge festgenommen und in das Gestapo-Hauptquartier gebracht. Ihm werden "instigation of subversion and acts against the government" vorgeworfen und er wird in Untersuchungshaft nach Plötzensee gebracht. Von dort schreibt er seiner Frau Margarete zwölf Tage später über die Qualität des Essens und seine Beschäftigungsstrategien. Nach einigen Wochen wird er entlassen, allerdings unter der Bedingung, im Juni 1936 vor einem Sondergericht auszusagen. Bei dem Prozess sagt Margot Ilius, eine Kindheitsfreundin, zu Cohns Gunsten aus. "But, ironically, he was acquitted because his pro-German activities in the Separatist Movement of 1923 came to light and the pamphlet he and others, including the Chief of the Bonn police, had written at the time was read at the Sondergericht."

Im Nationalsozialismus diente das Gefängnis auch als zentrale Hinrichtungsstätte der vom Berliner Kammergericht und vom 1934 errichteten Volksgerichtshof zum Tode Verurteilten.

Abweichend zu Horner schreibt Karoline Georg: „Emil Cohn wurde am 14. Dezember 1935 während eines Vortrags festgenommen, den er auf einer Veranstaltung des Jüdischen Kulturbunds in der Synagogengemeinde von Altlandsberg nahe Berlin unter dem Titel ,Das Gebot der Stunde‘ gehalten hatte. [...] Cohn wurde wahrscheinlich zunächst in das Gestapa und anschließend in das KZ Columbia überstellt. Als er zwölf Tage nach seiner Festnahme einen Brief an seine Ehefrau schreiben durfte, befand er sich bereits in Untersuchungshaft, aus der er erst nach einigen Wochen wieder entlassen wurde.“

Am 20. September wird Cohn in seiner Synagoge festgenommen und in das Polizeipräsidium Alexanderplatz gebracht. Für seine Verhaftung wird kein Grund genannt, aber Benno Cohn sagt während des Eichmann-Prozesses aus: "He told me, he whispered into my ear, illegally, we were not allowed to talk to one another, during the walk around the prison yard, when I asked him how he had got into prison ... He told me 'For the third time I quoted in my sermon in the synagogue that famous passage from the Haggadah (the Passover Prayer).' He was referring to the passage '... for not one man only has risen against us to destroy us, but the Holy One, blessed be He, has delivered us out of their hands.' He had quoted this passage for the third time. They had threatened to send him to a concentration camp. He asked for greetings to be conveyed to his family which he did not expect to see again." Zwei Wochen später erbittet Cohn die Möglichkeit, an der Bar Mitzwa seines Sohnes teilnehmen zu dürfen und wird dafür kurzzeitig entlassen: "Soon after his arrival at home, an unknown person appeared at the door to convey an urgent warning that he should leave Germany immediately as he was marked for a concentration camp." Am späten Abend des gleichen Tages fährt Cohn mit dem Nachtzug nach Amsterdam. Horner spekuliert, ob ein Schaffner bestochen wurde, damit Cohn an der Grenze nicht geweckt/nach Papieren gefragt wird.